国际卓越工程师学院实行联合管理委员会管理制度，下设教学指导委员会和院务执行委员会。联合管理委员会成员中方8人，法方7人。华东理工大学轩福贞校长为联合管理委员会主席。法国化学工程师联盟副主席Jacques Mercadier教授为学院法方院长。
（联合管理委员会名单）
中方
轩福贞（主席）
职务：华东理工大学校长
辛忠（副主席）
职务：华东理工大学副校长
王慧锋（副主席）
职务：华东理工大学副校长
金健（委员）
职务：上海化学工业区发展有限公司总经理
陶旭海（委员）
职务：上海高桥石油化工有限公司副总经理
黄婕（委员）
职务：华东理工大学教务处处长
杜文莉（委员）
职务：华东理工大学研究生院院长
黄光团（委员）
职务：华东理工大学国际卓越工程师学院中方副院长
法方
Laurent PRAT（副主席）
职务：图卢兹国立高等化学工艺与技术工程师学校校长/FGL联盟主席
Régis GAUTIER（副主席）
职务：雷恩国立高等化工学校校长
Sylvie BEGIN（委员）
职务：斯特拉斯堡欧洲化学聚合物与材料学校校长
Isabelle GOSSE（委员）
职务：波尔多国立高等化学生物物理学校校长
赵钢凯（委员）
职务：索尔维集团研究与创新中国区总监
Benjamin CHAN PIU（委员）
职务：苏伊士环境集团亚洲区业务董事
Jacques MERCADIER（委员）
职务：华东理工大学国际卓越工程师学院法方院长
