国际卓越工程师学院实行联合管理委员会管理制度，下设教学指导委员会和院务执行委员会。联合管理委员会成员中方8人，法方7人。华东理工大学轩福贞校长为联合管理委员会主席。法国化学工程师联盟副主席Jacques Mercadier教授为学院法方院长。
（联合管理委员会名单）
中方
轩福贞（主席）
职务：华东理工大学校长
朱为宏（副主席）
职务：华东理工大学副校长
王慧锋（副主席）
职务：华东理工大学副校长
金健（委员）
职务：上海化学工业区发展有限公司总经理
陶旭海（委员）
职务：上海高桥石油化工有限公司副总经理
朱学栋（委员）
职务：华东理工大学教务处处长
杜文莉（委员）
职务：华东理工大学研究生院院长
黄光团（委员）
职务：华东理工大学国际卓越工程师学院中方副院长
法方
Rose Noëlle Vannier（委员）
职务：里尔国立高等化学学校校长
Audrey Soric（副主席）
职务：雷恩国立高等化工学校校长
Carole DEUMIE（委员）
职务：马赛中央理工校长
Isabelle GOSSE（委员）
职务：波尔多国立高等化学生物物理学校校长
郝晔（委员）
职务：世索科集团中国研发中心总监
康瑾（委员）
职务：升达废料处理有限公司副总经理
Jacques MERCADIER（委员）
职务：华东理工大学国际卓越工程师学院法方院长
